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中心組織：

  1. 中心設主任1人，綜理中心業務，主任人選由國科會自然處遴選後聘任之，任期3年。民國111年1月起中心主任由國立臺灣大學數學系崔茂培教授擔任。 中心另設專任助理1名，協助處理中心相關行政事務等工作，由中心主任及中心委辦單位主管共同討論後聘任之。
  2. 中心之主要任務如下：
    1. 協助國科會自然處訂定相關學門研究發展方向與重點，策劃、推動及評估各該學門之重要長期性學術研究。
    2. 協助國科會自然處推展與國外有關研究機構合作及學術交流。
    3. 推動國內相關領域學者研究整合及交流。
    4. 補助舉辦學術性研討會、演講會及學術聯繫活動。
    5. 依實際需要得在有關大學院校系所及研究機構設立「中心圖書室」對全國有關研究人員提供服務。
  3. 中心設審議委員會，中心主任為當然主席，審議委員約8人，中心主任、3位相關學門審議召集人及理論中心主任等5人為當然委員，任期3年，其他委員的產生方式，由中心主任顧及數學及統計學門領域及地區學校代表性(北、中、南區域的學校)之平衡而決定，一般是以現任系所主管為優先聘任人選，另亦考量審議委員研究領域之均衡分佈、本職聘期將屆等各種情況，作為聘任之依據。
  4. 中心審議委員會之工作項目包括：
    1. 協助國科會自然處評估相關學門【學門規劃及修訂】。
    2. 協助國科會自然處初審相關學門【整合型計畫構想申請案】。
    3. 審核中心【訪問學者案】。
    4. 審核中心【國內研討會及學術活動補助案】。
    5. 協助國科會自然處審查各地區圖書服務計畫。
    6. 其他與國科會自然處或中心有關之重要業務。
  5. 中心依規定得視實際需要在公私立大學及研究機構遴聘聯絡人，協助推動中心業務。